Esta es la cuenca más importante en la comuna de Ancud seguida del río Chepu, ambas hoyas corresponden a redes dendríticas, siendo esta última una de las más importantes de la Isla de Chiloé. El río Pudeto drena un área de 843 km2 y tiene por base de equilibrio la bahía de Ancud, donde forma un estuario de 1.500 metros de ancho, 13 kilómetros de longitud y 21 km2de extensión, navegable solo por embarcaciones menores. Sufre las fluctuaciones de las mareas, que aquí tienen oscilaciones diarias de mucha amplitud (de 5 a 7 m). El vaciamiento o la llena pasa por una boca relativamente estrecha de unos 120 metros de ancho. Contribuyen a formar el río Pudeto los ríos Quempillén, Huillinco, Llanco, Negro, Coquiao o Mallamó y San Antonio, primer tributario de importancia de la hoya en atención a su caudal, el cual drena su parte occidental.(Plan regulador de Ancud ,Memoria explicativa 2008).
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